Как правильнее устанавливать библиотеки

Как лучше устанавливать библиотеки для программирования? Есть два способа — либо ставить через системный пакетный менеджер (apt для Debian/Ubuntu), либо через менеджер зависимостей самого языка программирования (pip для Python, composer для PHP, npm для JavaScript и так далее). Причём через менеджер зависимостей можно ставить их как глобально, так и локально.
Сам я раньше ставил всё через менеджер зависимостей и глобально из соображений единообразия, так как в системном пакетном менеджере есть далеко не всё (кроме того, до перехода под Debian testing была проблема старых версий). Но сейчас прихожу к выводу, что это не самый лучший вариант: система захламляется библиотеками, часть из которых перестаёт со временем быть нужной. И теперь стал ставить глобально только то, относительно чего уверен, что это будет нужно во многих проектах (например, библиотеки работы с базами данных), остальное устанавливаю локально, а в Python стал активно использовать virtualenv, чтобы если удаляю (или отправляю в архив) проект, то с ним бы туда же шли и установленные только для него библиотеки.